生物菌肥因其是生物活体肥料，其特殊的成分决定了它必须有特定的使用条件。土壤环境条件会影响菌肥使用效果，如温度、光照、土壤水分、酸碱度及使用方法等，所以在使用的时候就需要考虑到这些方面。
调控好地温 一般菌肥中的生物菌在土壤18-25℃时生命活动最为活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，调控好地温至关重要。而在冬季要想保持较高的地温，首先要控制好大棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25-30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，在操作行内覆盖作物秸秆也不失为一种好办法。
调控好土壤的湿度 土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情况下也不利于生物菌的生存。因此，除调控好地温外，合理浇水也很重要。一般情况下，浇水应选在晴天上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌。若在蔬菜苗期覆盖地膜之前浇水，还应及时进行划锄，以增加土壤的透气性，促进生物菌的生命活动。
注意施足有机肥 而生物菌的功效是在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出来的。如果土壤中的有机肥施用不足，生物菌就会因食物缺乏而使用效果不良。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌肥中的益生菌就会大量的繁殖，从而增强对有害菌的抑制。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥。
使用方法要得当 菌肥可作基肥，畦施、沟施或穴施；也可作追肥，进行冲施。生物菌肥穴施效果较好，生物菌可以迅速在蔬菜的根系周围形成强大的菌群，保护根系。如果土壤中病原菌积累较多，如种了十几年的老棚，建议采取先普施后穴施的方式以增加土壤中生物菌的数量，增强防病效果。
多种生物菌肥不宜同时使用 应用生物菌肥时最好只使用一种，不宜将含有不同有益菌的多种生物菌肥同时使用，更不应经常更换使用不同种类的生物菌，这是因为生物菌肥要发挥作用，需要有益微生物大量繁殖才能发挥作用。而微生物与微生物之间存在互生、共生（狭义的）和对抗三类关系，其中对抗关系又包括拮抗、寄生、竞争、捕食等多种类型。一般不同的菌肥产品所含的主要有益菌种不同。要注意不断补充新的菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以壮大菌群，提高防效。
需要特别注意的是，应用生物菌肥后通常不能再使用杀菌剂。因为生物菌中的有益菌能够被用到土壤中的杀菌剂杀灭，所以杀菌剂不能与生物菌同时使用
