生物菌肥的群体携连作用，能极大的改变土壤性质和土壤环境，可改良土壤板结和土地肥力，帮助农作物吸收土壤里有机肥或无机肥的利用率，达到合理用肥和节省肥料目的，能分解土壤中残留的农药，使其还原于抗氧化状态。生物菌肥不仅有固氮、解磷、解钾功能，还能调节土壤酸、碱度的平衡，促进土壤团粒化和保水、保墒、透气性能，增强作物抗病、抗虫能力。其生物菌群分泌合成的有机酸、生物酶、活性素等可直接促进植物生长，充分发挥了植物在良性状态中的增产潜力。因此，必须掌握好生物菌肥的性能和使用方法。
1、生物菌肥适宜在15-35℃的气温中快速繁殖，特别实在干湿交替灌溉条件下，能很好地发挥生物菌的活性。
2、生物菌肥在旱地施用的含水量应在30%-60%之间，有益菌繁殖迅速。湿度低于30%施用时，必须进行浇水，只有保证生物菌肥有效活性，才能帮助农作物吸收土壤中的养分。同时，生物菌肥有一定的抗旱作用。
3、可在作物播种前期做基肥使用。生物菌肥中的有益菌能拮抗土壤中的病虫害，促进作物根系生长，增强作物免疫力，提高作物的抗病、抗逆能力，对作物苗期生长效果很好。
4、生物菌肥最好在阴凉适宜的天气情况下施用。如清晨9点以前或下午4点以后，或者阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响菌肥的效果。
5、生物菌肥不能与杀菌剂直接混用。喷施杀菌剂要间隔5-7天再施用生物菌肥，以免杀菌剂营养生物菌肥的活性。
6、生物菌肥配合发酵好的农家肥和复合肥效果更好。生物菌肥施用后可减少复合肥施用量，但生物菌肥不能取代复合肥，还需适量补充复合肥。农家肥有机质丰富，腐熟好与菌肥一起施用，可促进有机质分解，促进作物更好的吸收全面的养分。
7、生物菌肥施入土壤中，有一个适应过程才能繁殖、生长活动，其显效期为7-10天后，就能逐渐均衡地给植物供养，发挥作用，功效期可长达6-8个月。