一、 生物菌效果
腐霉菌，枯草芽孢杆菌，固氮菌，解磷解钾菌，木霉菌，放线菌等等多个菌种，使其钝眠在盛装体内，用时建议一次性用完，或者把其瓶盖盖紧以免沾水，特性是沾水激活失去功效，再是土壤不要过于干旱，适宜湿润。不要和杀菌剂混用，要单独使用。
通过实践证明微生物菌肥堆肥，在使用上对作物确实起到了强壮茎秆，肥厚叶片，果实长势加快，抗病能力加强，提高抗逆性，丰产性好，特别是在土传病害和降解土壤有害物质超标这一块效果显著。减少化学肥料使用提高肥效真的很好，越种越好，越种越年轻。建议使用这个技术，因为它是实践使用出来的结果。可谓是投资不大，使用方便，效果显著，真的起到了，无残留，无公害生产。生物菌肥中的有效菌数量，即活菌数是判断菌肥优劣的重要指标，一般以含活菌数每克达到2亿个以上的为好。活菌数与菌肥的母液或基质密切相关，如果基质含有较多的氮磷钾，活菌数就不可能太高，因为PH值的变化和基质的营养不足可能使有益菌不能存活：
购买生物菌肥时，一是要看品牌，二是看有益菌的含量，一般来说，活菌数越多越好。三是看出厂日期，半年期以内的比存放时间长的含量高。生物菌肥的施用有基施、穴施、沟施和冲施，施用时要注意土壤湿度，当土壤湿度较大时，生物菌才能繁殖和扩展。所以用了生物菌肥后不能进行高温闷棚。再是生物菌肥可以和有机肥混施，有机肥同时作为有益菌的基质，为其提供更多的营养而增强其活性，但与化肥混施时一定要慎用，尤其是穴施、沟施和冲施时，化肥用量一定要少。使用生物菌肥后，一般不能用杀菌剂进行灌根和冲施，特别是抗生素和铜制剂类。
二、纠正施用菌肥的误区：
生产中很多菜农对菌肥的认识和使用存在不少误区，主要表现在以下三方面。菌肥用量越多越好，忽视了补充N、P、K。菌肥能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但并不是越多越好。这是因为N、P、K才是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些营养很少，它的作用是解磷解钾，防止死棵。因此当土壤中营养元素缺乏时，即使施用菌肥再多，农作物的产量也不会再增加。
另外，当施肥量超过最高产量施肥量时，作物的产量便随施肥量的增加而减少，生产投入成本增加而收益降低。因此，盲目大量施用生物菌肥达不到增产增收的目的。菌肥单施，不与肥料混用。有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用，混用后高浓度的化学物质会杀灭菌肥中的活性菌，因而菌肥就失去了其意义，其实不对。菌肥作追肥进行冲施时，因自身营养含量低，若单用则难以满足作物正常生长的养分需求。同时，菌肥除了不宜与碳酸氢铵等化肥混用外，与其它化肥混用还有不少好处。过磷酸钙施易被土壤固定而失效，与菌肥混合后施用，减少了化肥与土壤的接触面，减少养分的固定，同时化肥也可以被菌肥吸收保蓄，减少养分流失。
单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，若与菌肥混合后施用，则不会发生此类问题。跟农家肥混用菌肥好最好，而且化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症。菌肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤理化性质和微生物体系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。死棵是近年来棚室蔬菜最为突出的病害。随着菌肥的不断推广应用，很多菜农穴施菌肥有效地控制住了蔬菜死棵的发生发展，于是生产中不少菜农就将使用菌肥作为抑制蔬菜死棵的唯一措施。菌肥的确可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥不是农药，不能达到农药防治病害的效果。一旦发生病害，特别是根茎部病害，还要使用药剂对症用药进行防治，不可过分依赖菌肥的防病功效。