先说说化肥的特点；
1、化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。为什么三年以上的标准大棚现在番茄定植后20天都不长而新棚子徒长控制不住土壤不平衡了
2、化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%钾的利用率也只有50%左右。
3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转合成受阻，必然导致作物生长缓慢、品质下降，瓜不甜，菜不香。
4、危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。菌肥的确可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥不是农药，不能达到农药防治病害的效果。一旦发生病害，特别是根茎部病害，还要使用药剂对症用药进行防治，不可过分依赖菌肥的防病功效。
5、化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
7、从大量使用化肥看，越使用化肥，地利就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
生物菌肥料的优点
一、改良土壤：
（1）通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。
（2）快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。
（3）分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
二、固氮、解磷、解钾功能：
能够部分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾肥。进行分解，从而成为植物所能吸收的磷钾肥。因此能够大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的施用。三、提高作物品质：
解磷、解钾的同时，能够促使土壤中微量元素的释放，被作物所利用，同时有益菌代谢产生多种植物所需的物质，如小分子氨基酸、生长刺激物质、维生素等。
四、达到生物防治病害的效果：
五、促进作物早熟和延长采收期：由于土壤理化性质得到改善，土壤养分丰富且平衡，土壤中肥料能够更好的被作物很好的吸收，因此能够促进作物早熟和延长采收期
六、和有机肥配合使用，能够持续不断的改良土壤：
2-3年就可使土壤完全达到生产有机作物的标准，且因为有益菌能够快速分解有机物质为作物吸收，所以克服了有机肥料肥效慢的特点，单施有机肥产量低的特点。
生物菌肥不像化肥那样，一次性将过量的可溶性营养元素带入土壤，生物菌肥可避免环境污染，且有益菌不断的在植物根系周围不断的繁殖代谢，持续地、非过量的向作物提供营养。生物菌肥料使用量少，作用大、效果好。土壤是微生物的天堂，也是微生物繁殖的自然基础。
土壤中的微生物一般分为三大类一类是对作物生长有益的良性菌，如：固氮菌、根瘤菌、光合菌、磷细菌、钾细菌、放线菌和菌根真菌等
一类是对作物生长有害的恶性菌，如：镰孢菌、丝核菌、腐霉菌、疫霉菌等良性菌和恶性菌在土壤中的数量都不大而数量最大的是中性菌中性菌的特点是，谁的实力强就跟谁跑。在正常情况下，良性菌和恶性菌势均力敌。
而当过量施用化肥农药时，良性菌就会受到严重伤害，若长期大剂量高频次施用农药化肥，良性菌伤害更加严重，微生态平衡就会受到严重破坏，中性菌就会随之成为恶性菌。随着大棚菜的重茬种植，土传病害和自毒物质的积累日趋严重。化肥的超标使用。尤其是土壤颗粒吸附的矿质元素越来越多，呈现不溶解态的化合物，引起土壤盐渍化。要改变土壤恶化的态势，单纯依靠化学农药进行土壤处理，显然是难以做到的。通过生物菌肥的施用，可以有效地解决土壤问题。菌肥中的芽孢杆菌或酵母菌等，如果达到足够的数量，就会形成一定的有益菌群，有益菌群在作物的根际一是能限制有害微生物的繁殖侵染，抑制或“吃掉”有害菌，所以具有防治土传病害的作用。
芽孢杆菌等能分解作物的自毒物质，也能分解土壤中已被固定的矿质元素，使多年不能被作物吸收的营养被重复激化利用，因而土壤中的含盐量也就逐渐减少，达到减轻盐渍化的目的。
生物菌的作用：
1、有机肥的种类很多，比如鸡粪猪粪牛粪等等，它的缺点是养分少病菌多，需经过复合菌的发酵腐熟后才能成为有机肥。
2、经复合微生物分解后，将有效养分充分释放，提高有机养分氮磷钾含量，消除有机粪的养分含量少缓慢的弊病。
3、通过微生物菌的作用，堆肥菌的好氧菌会很快繁殖，消除臭味，杀灭病菌。寄生虫卵，杂草种。
4、通过降解转化，可使一些不宜分解的物质尽快得到分解利用，比如纤维素，半纤维素，木质素，蛋白质，转化被植物吸收矿物固氮转化有机氮供植物利用。
使磷钾肥成为有机磷和有机钾并形成大量的腐殖质供作物利用，并提高利用效率。
5、用土改菌发酵出的产品有机肥，使用在土地上可使土壤的团粒结构更好，还原性更好，通气性更好缓冲ph值，增加地的肥力，提高微生物数量和活性减少土传病害和重茬病害还有虫害，减少化肥用量，减少农药次数，特别是土传病害，真正达到增产，增收，增效，无公害，绿色必备的产品。